Сегашният манастир се намира в близост до село Пастра – недалеч от мястото на първоначалното му изграждане. Покрай него тече Рилска река. Това е най-големият манастир в България – 5 етажа, като видими са 4 от тях. Тази особеност на сградата се обяснява с ограниченията, наложени от османската власт през 1834 г., когато са строени сегашните сгради. В партерния етаж се разполага музеят.
Манастирът „Свети Йоан Рилски“ е построен на мястото на стара постница през 927 – 941 г. от св. Йоан Рилски Чудотворец (според някои автори – от неговите ученици) в Рила планина. В двора на днешния манастир през 1335 г. е издигната отбранителна кула и малка еднокорабна черква от местния феодален владетел протосеваст Хрельо. Кулата е най-старата запазена сграда в манастирския комплекс. На върха на кулата се намира параклисът „Свето Преображение“ с ценни фрески от 30-те години на 14 век.